Suite à la chute des girondins à Paris le 31 mai 1793, des insurrections éclatent à Lyon, Avignon, Nîmes ou encore Marseille. A Toulon, les fédéralistes, bourgeois dissidents, se font rapidement supplanter par les nombreux royalistes, encore présents dans la flotte de guerre, qui proclament Louis XVII roi de France. Ces royalistes font appel à la flotte anglo-espagnole de la 1ère coalition qui combat la Révolution française. Le 28 août, les premiers soldats coalisés débarquent dans la rade ; le même jour les avant-gardes françaises sont à 15 kms de Toulon. 12.000 français encerclent le port tenu par 17.000 coalisés aux ordres de l’amiral Hood. Un jeune capitaine d’artillerie, Napoleone Buonaparte, totalement inconnu, permet de reprendre la ville aux Anglais. En décembre 1793, la ville tombe entre les mains des troupes fidèles à la Révolution.
En novembre 1793, une phase d’épuration de la Marine commence. Rochefort n’est pas épargné.